โรงพยาบาลสมเด็จพระปิ่นเกล้าเป็นโรงพยาบาลระดับตติยภูมิของกองทัพเรือที่ให้การดูแลรักษาพยาบาลกำลังพล กองทัพเรือ ครอบครัว และประชาชนทั่วไป ผู้รับบริการมีความเชื่อมั่น ในคุณภาพการรักษา เป็นที่เชื่อถือและยอมรับมาโดยตลอด ทั้งนี้เกิดจากความมุ่งมั่นของโรงพยาบาลในการพัฒนาคุณภาพการบริการทางการแพทย์อย่างต่อเนื่อง เพื่อความเป็นเลิศด้านการรักษาพยาบาล ทำให้โรงพยาบาลสมเด็จพระปิ่นเกล้า ได้รับการรับรองระบบบริหาร คุณภาพ ISO 9001 : 2000 ในเดือนกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2545 และได้รับการรับรองคุณภาพโรงพยาบาล (Hospital Accreditation) ในเดือนมีนาคม พ.ศ.2549 โดยได้รับการต่ออายุการรับรองคุณภาพ สถานพยาบาลดังกล่าวต่อเนื่องมาจนปัจจุบัน